La creación de la Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas fue mediante la Ley 26276 el 5 de enero de 1994. El día 28 de marzo del mismo año se realizó la ceremonia de colocación de la primera piedra y se inició la construcción de los dos primeros pisos del pabellón A. Meses después, el 4 de agosto, se realizó el primer examen de admisión a la UPC.
El día 15 de setiembre de 1994 se inauguró el primer año académico y el 19 del mismo se iniciaron las clases de la primera promoción en las facultades de Ingeniería, Arquitectura y Ciencias de la Comunicación. Las primeras carreras abiertas fueron: Ingeniería Electrónica, Ingeniería de Sistemas, Ingeniería Civil e Ingeniería Industrial; Arquitectura, Publicidad y Periodismo. En total se inscribieron 329 alumnos. Semanas después se instaló el primer Consejo Consultivo de la UPC.
En marzo de 1995 la universidad convocó a los candidatos presidenciales, Javier Pérez de Cuéllar y Alberto Fujimori para realizar un debate en el primer evento de “Creatividad Presidencial” que llevó el título de “Visión al 2000 y Proyectos Prioritarios”.
Ese año, la univesidad presentó el novedoso sistema de admisión denominado "Selección Preferente”, dirigido a los egresados de secundaria ubicados dentro del tercio superior de su promoción. En octubre de ese año se convocó al evento Creatividad Municipal a los candidatos a la Alcaldía de Lima para una exposición de propuestas sobre la mejora de la calidad de vida de la ciudad.
En marzo de 1996 se inaugura el pabellón B de la Universidad. Ese mismo año se crea la Facultad de Estudios de la Empresa, ahora Facultad de Negocios, con las carreras de Administración y Finanzas, Administración y Marketing, y Contabilidad y Administración. En noviembre se convoca la primera versión del evento “Creatividad Empresarial”, concurso que premia la innovación a nivel empresarial y que sigue vigente a la fecha.
La carrera de Ingeniería de Sistemas se creó en el año 1996. Dentro de su plan académico contemplaba que los profesionales técnicos en sistemas del Instituto Superior Tecnológico Privado – Cibertec, luego de realizar estudios universitarios, pudieran optar por el título de Ingeniero de Sistemas. Este programa nació con el nombre de Formación Complementaria. Sin embargo, en 1999, se cambiaría a Programa de Educación Superior Complementaria. Hoy ésta división de estudios abarca otras carreras y se conoce como Estudios Profesionales para Ejecutivos-EPE.
En el mes de agosto de 1997 se realizó el primer Congreso Nacional de Educadores, con la participación de educadores de todo el país. Este congreso crece con los años y hoy participan más de mil docentes. Ese mismo año se creó la Escuela de Empresa de la UPC, que hoy se conoce como la Escuela de Postgrado de la UPC, para ofrecer cursos de postgrado y de especialización profesional.
En mayo de 1998 se inauguró el pabellón C de la universidad y se creó la Facultad de Derecho.
En 1999 se realizó una serie de convenios con varias instituciones del país, de las cuales destacan la Universidad de Piura, el Instituto Nacional de Cultura (INC) y la Fuerza Aérea del Perú.
En el año 2000 se iniciaron las actividades de Extensión Profesional de los distintos programas académicos. Ese mismo año se creó la carrera de Administración y Negocios Internacionales, así como la de Administración de Empresas, dirigida a adultos con experiencia laboral. También se crea la Facultad de Economía, que ofrece como primera carrera la de Economía y Finanzas.
En abril del 2004 se inauguró el pabellón D de la universidad y se crearon las carreras de Ingeniería de Sistemas de Información e Ingeniería de Software. En setiembre de ese año, la UPC se incorpora a la red Laureate International Universitiescon sede principal en Baltimore – EE.UU, permitiendo que la UPC sea reconocida como la primera universidad global del Perú.
Tres nuevas carreras se crearon en el 2005: Economía y Políticas Públicas (hoy Economía y Desarrollo), Economía y Negocios Internacionales, y Administración y Recursos Humanos. Ese mismo año se inicia el proyecto de expansión de la sede principal de Monterrico. En ese año se formó la División de Estudios Profesionales para Ejecutivos - EPE, que vinculaba en una sola unidad el Programa de Educación Superior Complementaria en la Carrera de Ingeniería de Sistemas y las Carreras de Administración de Empresas, Negocios Internacionales y Marketing, dirigidas a egresados de institutos superiores tecnológicos de otras especialidades, personas sin estudios superiores o con estudios superiores incompletos.
En el año 2006 se inauguró la primera etapa de la nueva sede del Centro de Información – pabellón I, así como de los pabellones F y G. Ese mismo año se crean las Facultades de Ciencias de la Salud, Ciencias Humanas, y Administración en Hotelería y Turismo, que ofrecen las carreras de Nutrición y Dietética, Psicología, y Hotelería y Administración. La Facultad de Ingeniería, a su vez, empieza a ofrecer una nueva carrera: Ingeniería de Telecomunicaciones y Redes.
En el año 2007 se continuó con los trabajos de expansión del campus y se creó la Escuela de Medicina que se integra a la Facultad de Ciencias de la Salud. Además, la UPC anunció sus cuatro nuevas carreras: Odontología, Administración y Agronegocios, Comunicación e Imagen Empresarial, y Comunicación y Marketing, las cuáles recibieron a su primera promoción de alumnos el año 2008.
En el 2008 se lanzó la Carrera de Comunicación Audiovisual y Medios Interactivos, de la Facultad de Comunicaciones. También se lanzó la Carrera de Turismo y Administración, que pertenece a la Facultad de Administración en Hotelería y Turismo, y la Carrera de Terapia Física que pertenece a la Facultad de Ciencias de la Salud.
En el año 2009 se lanzó la Escuela de Música, la cual recibió a su primera promoción de alumnos el 2010 como parte de la nueva Facultad de Artes Contemporáneas.
Así, la UPC cuenta actualmente con 10,841 alumnos de pregrado regular, 3,397 alumnos de EPE, y 1,366 profesores. Tiene 35 programas académicos en pregrado regular y 7 programas académicos en EPE
